購買食用菌菌種時，除了選擇信譽好的大專院校、科研單位或正規食用菌菌種生產廠家作為選購對象外，對現場購買或成批發送的菌種要進行仔細挑選，并要考慮以下4個方面：

　　1、購買菌種前要多了解，一定要名副其實。每一種食用菌都有一個中文名稱，中文名是根據拉丁學名翻譯而來，或沿用古代稱謂，或根據食用菌特點而定，因此在購買菌種時，特別是栽培歷史短、還沒普及的新食用菌時，一定要勤查多問，以免所購菌種名不符實，造成損失，如冬菇就是金針菇和香菇的別稱。

　　2、菌種溫型與當地氣候條件相吻合。從外地引種應注意南、北方氣候條件差異。南北方引種原則一般遵循：“應北菇南移，不應南菇北移；應從緯度相差不太大的地區引種”。我國幅員遼闊，南、北方氣候差異大，特別是對積溫敏感的品種，從外地引種新品種，必須在當地做10000袋以上的出菇試種，才可將該品種用于大面積生產。將晚熟品種引到北方栽培，或將早熟品種引種到南方地區推廣應用，都可能造成重大損失。

　　3、菌種種性與栽培方式相吻合。目前香菇、黑木耳和銀耳等木腐食用菌大多采用代料栽培，同時還保留著一定規模段木栽培。由于兩種栽培方式在培養基和環境條件差別大，因此，在購買以上食用菌菌種時，應選購與栽培方式相應的品種。

　　4、菌種相關特性與期望性狀相吻合。金針菇白色菌柄受市場歡迎，選用白色金針菇品種效果好；香菇菌蓋上產生白色花紋稱“花菇”，“花菇”市場價格高于普通香菇，白色花紋產生雖然受環境因素影響大，但選用低溫或中溫且菌蓋厚的菌種有提高花菇形成率。